Numa luta árdua com o francês Alain Prost, Senna ganha oito vezes contra sete de Prost, numa época totalmente dominada pelos McLaren-Honda MP4/4. Senna e Prost, entre eles, ganharam todas as corridas, exceto uma. Em Monza, Senna liderou toda a corrida, contudo a duas voltas do fim, tem um acidente ao tentar ultrapassar o retardatário Jean-Louis Schlesser, dando a Berger e a Ferrari a possibilidade de se sagrarem vencedores. Ele ganha em Imola, Montreal, Detroit, Silverstone, Hockenheim, Hungaroring, Spa-Francorchamps e Suzuka, ficando em segundo lugar, atrás de Prost, no México, França e Áustria. Um quarto lugar em Espanha e um sexto em Portugal, dão-lhe um total de 94 pontos, nove menos do que o seu companheiro de equipe. Porém, como apenas os 11 melhores resultados são computados, a sua pontuação líquida de 90 pontos bate os 87 de Prost. Ayrton Senna sagra-se assim Campeão do Mundo pela primeira vez. A sua temporada tinha começado da pior maneira possível, em Jacarepaguá. Diante dos seus fãs brasileiros, parte da pole, mas lhe é mostrada a bandeira preta por violar o regulamento, ao fazer uma visita de última hora ao box. Após a sua vitória em Imola, comete um erro em Monte Carlo, dando a vitória a Prost. Uma inesperada perda de concentração, após 66 voltas no comando, leva-o a bater no guard-rail. Depois do incidente, fica tão perturbado que deixa o circuito sem sequer ir aos boxes. Dirige-se então ao seu apartamento onde permanece durante três dias, antes de se apresentar de novo na McLaren. Senna recordava muitas vezes a sua vitória em Suzuka como uma das melhores. Depois de deixar o seu McLaren ir baixo na partida, perde a vantagem da pole, caindo para a décima quarta posição. No entanto, conduzindo com uma extraordinária vivacidade e perícia, faz uma corrida espetacular e termina em primeiro. Mais tarde, revela em uma entrevista que teve de Jesus Cristo quando, já no final da corrida, quando contornava a Curva Spoon. Fala então abertamente da sua relação com Deus: 'Finalmente encontrei-o, e tenho-o sempre comigo', diz. A guerra de palavras trocadas entre Senna e Prost não ajudou a atenuar a rivalidade entre os dois campeões, à medida que se aproximavam da temporada de 1989 - a primeira da era dos motores atmosféricos de 3,3 litros. Mais uma vez, a má sorte bate a porta de Senna no Grande Prêmio do Brasil. Nigel Mansell faz uma largada espetacular na sua estréia com a Ferrari, enquanto que Ayrton se choca com Berger, logo na partida. Em Imola, bate Prost. Porém, o francês reclama a quebra por parte de Senna do pacto de 'não ultrapassagem' na primeira volta, estabelecido entre eles. A disputa entre os dois companheiros de equipe passa para hostilidade aberta e eles cortam relações. O patrão da equipe, Ron Dennis, consegue restabelecer uma paz aparente, e Senna volta às vitórias. Em Monte Carlo, parte da pole e vence. Repete esta performance no México, mas no meio da corrida de Phoenix perde a liderança devido a uma falha do motor. Não terminando no Canadá (após liderar durante 30 voltas), França e Silverstone, volta às vitórias em Hockenheim. Em Hungaroring, é surpreendido por Nigel Mansell, que lhe tira a liderança no momento em que hesita na ultrapassagem do Onyx de Stefan Johansson. As vitórias de Senna em Spa-Francorchamps e Jerez, e de Prost em Monza, levam a um confronto decisivo em Suzuka. Incrivelmente, os dois McLaren-Honda se chocam, quando, a sete voltas do fim, Prost fecha Senna. Este consegue voltar à pista e vai para o box substituir o seu aerofólio dianteiro. Regressa então à pista ultrapassando agressivamente o novo líder Alessandro Nannini, mas a vitória lhe é retirada pelos Comissários Desportivos, não só por ter sido empurrado pelos fiscais de pista, conseguindo assim pôr o carro em marcha, mas também por ter cortado a chicane após o incidente. Nesta altura, Senna acusou abertamente Prost de deliberadamente o pôr fora da corrida e a inimizade entre os dois atingiu o seu auge. Sem ânimo para correr, chega a Adelaide para disputar a última prova da temporada. No entanto, após 13 voltas, sofre um violento acidente. Senna deixou a Austrália tão desapontado e desiludido com uma temporada que foi uma constante guerra de nervos, que ele pensou em abandonar a carreira. Após o incidente de Suzuka, a hostilidade entre os dois era total. 'Eu estava na torre por cima da pista, quando descobri que tinha sido desclassificado. Prost veio ter comigo e pôs a mão no meu ombro dizendo que gostaria que o campeonato não tivesse acabado daquela forma. Senti que o queria comer vivo. Gritei para que desaparecesse, que saísse da minha frente. Após seis meses sem nos falarmos, ele vem-me com esta hipocrisia'. Declarações imprudentes acerca do então presidente da FISA, Jean Marie Balestre, trouxeram-lhe ainda mais problemas com as autoridades, tendo Senna sido ameaçado de ter sua superlicença cassada. Não surpreendentemente, Prost muda-se para a Ferrari, enquanto que Gerhard Berger deixa Maranello, para se juntar a Senna. A McLaren torna-se, de imediato, numa escuderia unida e igualmente eficiente. Com a rivalidade pessoal entre Senna e Prost a animar ainda mais a já espectacular batalha pela coroa mundial, a temporada 1990 foi memorável. Senna começou bem, com uma vitória em Phoenix, mas o seu Honda perdeu potência em São Paulo quando se encontrava na liderança, sendo ultrapassado pelo seu companheiro de equipe, Berger. Em Imola abandonou, mas voltou a vencer em Mônaco e Canadá. No México, uma falha mecânica no seu McLaren, após 60 voltas no comando, entregou a vitória a Prost, que também se sagrou vencedor na França e em Silverstone. Esta alternância continuou, com Senna vencendo em Hockenheim, Spa-Francorchamps e Monza, e Prost na Espanha. Mais uma vez, o campeonato foi decidido em Suzuka, e mais uma vez terminou com um incidente. Desta vez, Senna foi o responsável. Fato que não escondeu, admitindo que, na primeira curva se chocou o Ferrari de Prost, asssegurando assim, o seu segundo título Mundial. Um ano mais tarde, ao falar com os jornalistas, afirmou recordar-se claramente dos seus pensamentos antes da partida, em Suzuka. Assim, lembra-se de ter dito a si próprio: 'Se o Prost na largada sair na minha frente, e chegar à primeira curva na frente, eu vou com tudo. E é melhor que ele não tente fechar a curva à minha frente, porque não vai conseguir terminá-la Foi exatamente o que aconteceu'. Na mente de Senna, tinha sido feita justiça, e ele não pede desculpas pelo acontecido. A idéia de que tinha conquistado o título devido ao incidente de Suzuka, foi rejeitada pelo novo Campeão Mundial. 'O campeonato não foi ganho no Japão', insistiu. 'Foi ganho corrida a corrida, ponto por ponto, não só com primeiros lugares, mas também com segundos e terceiros. Eu tinha tudo planejado desde o início. Sempre acreditei que conseguiria, acreditei na forma como iria conseguir, e trabalhei para isso. Foi um sucesso, meu e de toda a equipe'. 'Quando saí do carro após o acidente, estava ao mesmo tempo emocionado e descontraído. Ao ir para os boxes, apercebi-me de que o circuito estava livre, logo, a corrida tinha continuado. Lentamente, libertei-me da pressão e tentei agir naturalmente mas não conseguia'. Chorando, abraçou o patrão da equipe Ron Dennis, quando a realização de que era Campeão Mundial pela segunda vez, se apoderou finalmente dele. Porém, a sua alegria é contestada pela Ferrari, que exigiu que a FISA tomasse medidas contra ele. Esta constituiu uma Comissão Especial para analisar os vários aspectos da F1, mas nenhuma outra decisão foi tomada. A temporada seguinte começou da melhor maneira possível para Senna, que alcançou quatro vitórias consecutivas em Phoenix, São Paulo, Imola e Mônaco. Todavia, ele não estava satisfeito, avisando que tanto McLaren como a Honda que teriam de fazer mais, para manterem o título Mundial. Ano após ano, tudo se torna mais difícil: "É muito difícil ser número um, mas é ainda mais difícil permanecer número um. Depois de se ganhar um campeonato, a pressão aumenta, porque deixa de ser suficiente ser-se segundo". Os avisos de Senna à McLaren e à Honda tornaram-se realidade quando os Williams-Renault ganham sucessivamente no México (Patrese), Magny-Cours (Mansell), Silverstone (Mansell) e Hockenheim (Mansell). Depois da corrida germânica, a velha hostilidade entre Senna e Prost reacendeu-se quando o francês acusou Ayrton de o empurrar para fora da pista. Prost revelou ao canal 5 francês: "Fui parar na grama uma ou duas vezes, quando rodava a 320 km/h. Tentei tudo ao meu alcance, mas, da próxima vez, vou tentar ultrapassá-lo por dentro e empurrá-lo para fora da pista. Se as coisas continuarem assim, vou jogar o jogo de Mansell e da Renault até ao fim do campeonato porque ele está completamente fora de ordem". Preocupada com a possibilidade de uma guerra aberta nas pistas, a FISA convocou ambos para uma reunião especial, em Hungaroring, antes da corrida seguinte. Após uma longa e aparentemente franca discussão, eles se cumprimentaram. As animosidades tinham terminado, anunciaram. Incitada pelo seu piloto, a Honda conseguiu aumentar a potência dos seus motores e a McLaren aperfeiçoa o seu MP4/6. Senna premeia de imediato os seus esforços, com uma vitória na Hungria. Mais uma vez, não foi uma vitória fácil. Graças ao novo combustível da Shell, consegue a pole, o que lhe permite manter sob controle os claramente mais rápidos Williams-Renault de Mansell e Patrese. Esta foi uma vitória importante por duas razões. Por um lado, levantou a moral do pessoal da Honda, ainda muito abalados pelo falecimento do seu fundador, Soichiro Honda; e por outro, assinaliou a intenção de Senna de lutar com Mansell pelo título. Em Spa-Francorchamps, após luta árdua com Mansell que acabou por abandonar, Senna venceu pela quarta vez consecutiva, o que lhe permitiu ficar à frente na luta pelo título. O circo mudou-se então para Monza, onde Senna conseguiu apenas o segundo lugar, atrás do mais rápido Williams de Mansell. Seguiu-se a prova de Estoril, onde novamente terminou em segundo, desta vez ficando atrás do Williams de Patrese, com Mansell sendo eliminado devido a uma infração no pit-lane. Uma má escolha de pneus no asfalto molhado do novo circuito da Catalunha, na Espanha, faz Senna chegar na quinta colocação, enquanto que Mansell conseguiu mais uma vitória. Mais uma vez, o campeonato é decidido em Suzuka. Muito próximo de Senna, Mansell sai da pista após 10 voltas disputadas, bastando ao brasileiro apenas terminar, para assegurar o campeonato. Assim, na última volta, e depois de ter consultado Ron Dennis via rádio, ele diminuiu o ritmo, deixando Berger passar. Esta foi a forma que ele encontrou para agradecer ao seu companheiro de equipe todo o apoio dado durante a temporada. Porém, o que deveria ter sido um momento extremamente feliz na sua carreira, acabou por ser manchado por mais comentários imprudentes de Senna a Jean Marie Balestre, bem como pelo facto de ter admitido em público ter deliberadamente provocado o incidente de Suzuka em 1990. Esta conduta pouco própria do novo campeão trouxe-lhe severas críticas por parte da imprensa de todo o mundo. Para um homem que afirmava estar consciente das grandes responsabilidades de liderar uma equipe de Fórmula 1, tinha um comportamento impróprio. Com a sua imagem denegrida, Senna é um homem diferente na temporada de 1992. Agora que tinha alcançado o seu terceiro título, revelava-se um piloto mais maduro. Prost, depois deter sido merecidamente suspenso pela Ferrari, nas duas últimas corridas de 91, não participou desta temporada. Com Piquet fora da F1, o palco estava preparado para a batalha entre Senna e Mansell. Desde a primeira corrida em Kyalami, na África do Sul, que era evidente a superioridade do Williams-Renault FWI4B do inglês. Mansell arrebatou cinco vitórias consecutivas, em Kyalami, México, Interlagos, Barcelona e Imola. A luta pelas ruas do Principado, no GP de Mônaco constituiu um dos pontos altos da época. Uma vez na frente, Senna não cedeu o seu lugar a ninguém resistindo com grande perícia ao duro ataque de Mansell. Foi a sua quinta vitória em Mônaco, igualando assim o recorde de Graham HilI. Duas semanas depois, em Montreal, Senna liderou de novo, mas Mansell, impaciente, tentou ultrapassá-lo na aproximação à chicane. O Williams bloqueiou na freada, perdendo aderência e por pouco não bateu no McLaren de Senna. Este porém, vê-se impossibilitado de tirar proveito do erro de Mansell, já que ele próprio acaba por ter problemas com a eletrônica do seu carro, permitindo a Berger marcar pontos para a McLaren. As três corridas seguintes em Magny-Cours, Silverstone e Hockenheim, são ganhas com ridícula facilidade por Mansell. Senna venceu na Hungria, mas só depois de Patrese ter saído da pista e o inglês ter tido um furo em um dos pneus que o obrigou a ir ao box. No entanto, o seu segundo lugar, foi suficiente para conquistar o título de campeão Mundial. Em Spa-Francorchamps os Williams-Renault sofrem problemas eletrônicos e de escapamento, que aliados as condições atmosféricas instáveis dão a vitória ao recém-chegado Michael Schumacher. Este optou, no momento certo, pela mudança para pneus de chuva, o que lhe concedeu uma vantagem confortável sobre os restantes pilotos. Senna por seu lado, mantém-se na pista cada vez mais molhada com slicks, decisão que lhe iria custar uma descida para o quinto lugar. Com ambos os Williams com problemas, Senna registrou mais uma vitória em Monza, porém Mansell e Patrese venceram respectivamente no Estoril e em Suzuka. Tendo já anunciado a sua intenção de se mudar em 1993 para os Indy Cars Americanos, Mansell teria ficado bastante satisfeito em terminar o campeonato com uma vitória em Adelaide. Contudo, Senna tinha outras idéias. Durante 19 voltas, perseguiu o inglês numa luta empolgante entre os dois melhores pilotos do dia. Mas o que seria um belo desfecho, terminou em um acidente. Ao longo do ano, o relacionamento de Senna com Ron Dennis e a McLaren deteriorou-se ao ponto deste ir para as suas férias anuais no Brasil sem ter assinado o contrato para 1993. Em certa altura falou numa possível retirada, e indiferente a estréia de Mansell nos Indy Cars, testa um Penske FC21, em Dezembro, no Arizona. Sucedeu-se um jogo perigoso, entre Senna e Ron Dennis, que foi resolvido através de um contrato corrida a corrida, assinado apenas algumas horas antes do primeiro Grande Prêmio de 1993, em Kyalami. Senna mostrou-se, no entanto, profundamente insatisfeito com a perda dos motores Honda, e a sua substituição pelos Ford. Berger já tinha saído, contente com o salário de 12 milhões de dólares oferecido pela Ferrari. Para o seu lugar, a McLaren contratou o às dos Indy Cars, Michael Andretti. Mika Hakkinen, piloto da Lotus, é também contratado como reforço para a equipe, no caso de Senna optar por ficar no Brasil e não correr. De fato essa hipótese era bastante provável, com Prost a negociar um lugar na Williams e o desespero de Senna, que chega a afirmar que para Frank Williams, correria até "de graça". Sem o apoio dos potentes motores Honda, Senna sentiu que não conseguiria disputar de igual para igual com Prost. Para um homem que não se satisfazia senão com a vitória, pilotar outro carro que não o Williams, era pura perda de tempo. Em Adelaide, porém, fala da "responsabilidade para com os fãs que nos seguem" e o faz de forma tão sincera, que a hipótese de abandono se torna impensável. Mas negociar o melhor acordo possível foi algo onde Senna foi sempre bom. Finalmente, duas semanas antes de Kyalami foi para Silverstone, onde testou o novo McLaren MP4/8. Apenas em poucas voltas, conseguiu ser mais rápido do que Andretti e Hakkinen. E, mais importante do que tudo, ele apercebeu-se do potencial do novo carro, decidindo continuar as negociações com Dennis. No circuito sul africano ficou em segundo lugar com Prost sendo o vencedor, mas nas duas corridas seguintes, revelou as suas extraordinárias capacidades. Em ambas as ocasiões a chuva foi o equalizador e ele demonstrou que ninguém o igualava no domínio do carro. Em Interlagos, após uma fortíssima chuva, Prost saiu da pista e Senna registrou uma vitória extremamente popular, naquele que era o seu circuito natal. A extraordinária performance obtida, viria a ser superada quinze dias depois em Donington Park, onde o brasileiro deslumbrou todos com uma excelente exibição de condução sob chuva. A sua primeira volta é inesquecível, fazendo já parte da história dos Grandes Prêmios. Quinto na largada, passou Schumacher à saída de Redgate, o Sauber de Karl Wendliger nas Craner Curves, Damon Hill em Coppice, ultrapassando finalmente Prost na aproximação da Melbourne. Após esta fulgurante ascensão até a liderança, e à medida que a pista passa de seca para molhada, e de molhada para seca, ninguém mais conseguiu se aproximar de Senna. Um segundo lugar em Imola teria permitido a Senna continuar a lutar pelo título, mas uma falha no sistema hidráulico levou-o a abandonar. No entanto, o segundo lugar em Barcelona, deixou-o apenas a dois pontos de Prost. Já em Mônaco e apesar de fortuita, Ayrton registrou a sua sexta vitória naquele circuito, o que lhe permitiu alcançar um recorde que talvez nunca venha a ser igualado. Depois de queimar a partida, Prost foi penalizado com um "stop and go" agravado ainda pelo fato de ter deixado o carro morrer quando lhe é dada autorização para regressar a pista. Schumacher assume então a liderança, mas, um problema com o seu Benetton obrigou-o a abandonar. Senna, que fazia uma corrida calma devido a uma luxação no polegar, consequência de um acidente nos treinos de qualificação, rumou serenamente para a vitória. Não terminando no Canadá, obtendo lugares secundários atrás dos Williams na França, Silverstone, Hockenheim e Spa Francorchamps, saindo da pista na Itália e abandonando novamente na Hungria e em Portugal, Senna ficou 34 pontos atrás de Prost quando faltavam apenas as duas corridas finais de Suzuka e Adelaide. Porém Senna não desistiu, e a sua amiga chuva que sempre lhe deu vantagem, ajudou-o a vencer no Japão. Prost, com o seu quarto título Mundial e uma merecida retirada no final da época, muito teria gostado de terminar com a vitória em Adelaide. Partindo da pole, foi uma corrida em que Senna esteve simplesmente brilhante não cometendo o menor erro. Forma perfeita de terminar os seus seis grandiosos anos ao serviço da Marlboro-McLaren.