A determinação de Senna, bem como o seu estilo agressivo de pilotar, trouxeram-lhe inevitáveis conflitos, quer com as autoridades, quer com os restantes pilotos. No Japão, a sua fama era incontestável, não só por causa da sua ligação com a Honda mas também pelos dois famosos incidentes em que se viu envolvido e que acabaram por decidir o título Mundial de 1989 e 1990. Em ambas as ocasiões, Senna e Prost vão para Suzuka com chances de conquistarem o título e, em ambas as ocasiões, o duelo termina com acusações mútuas. Em 1989 assistimos a um Prost, que não estando preparado para na aproximação da chicane, deixa Senna passar por dentro, bloqueando-lhe a passagem. Poderemos ver isto como uma defesa de posição pelo líder. Talvez. No entanto Senna sempre afirmou que já se tinha metido por dentro o suficiente, para ter direito para si a trajetória interior da curva. Seja como for, o incidente acaba por dar o título a Prost, já que o Senna precisava da vitória para o alcançar. O brasileiro nunca lhe perdoou, e um ano depois, no mesmo cenário de Suzuka, logo na aproximação à primeira curva, joga deliberadamente o francês para fora da pista, garantindo para si o campeonato. Na altura, Ayrton sente que tinha sido feita justiça. Mas esta ação não enalteceu em nada a sua reputação no mundo do desporto. Senna irá mudar bastante, e em 1993, no Grande Prêmio de Suzuka, ele é já um homem diferente. Ao terminar aquela que seria uma das suas melhores temporadas, Ayrton mostrou que tinha amadurecido tornando-se, senão o melhor piloto de todos os tempos, o melhor da sua era. Novamente por uma atitude intempestiva, acaba por estragar outra grande vitória ao agredir o estreante Eddie Irvine, depois da corrida. Acusou o irlandês de o bloquear e o obrigar, mais do que uma vez, a sair da pista. Mas Irvine não se intimidou com as acusações. Famosas também foram as desavenças entre Senna e o então presidente da FISA Jean Marie Baletre. O brasileiro sempre acusou o dirigente de favorecer o francês Alain Prost no episódio de 1989.